जेव्हा पर्यावरणाची हानी होते, तेव्हा जैवतंत्रज्ञानाचा वापर पर्यावरणाच्या दुय्यम नुकसानापासून संरक्षण करण्यासाठी केला जाऊ शकतो. जीवशास्त्र अत्यंत विशिष्ट आहे आणि विशेष प्रदूषण स्रोत काढून टाकू शकते. उदाहरणार्थ, क्रूड ऑइलची वाहतूक करणारे क्रूझ जहाज अपघातामुळे जड तेलाने समुद्राचे क्षेत्र प्रदूषित करते. जड तेलाचे विघटन करणार्‍या विशेष सूक्ष्मजीवांचा वापर जड तेलाचे विघटन करण्यासाठी आणि प्रदूषण दूर करण्यासाठी पर्यावरणास स्वीकारार्ह शॉर्ट चेन फॅटी ऍसिडमध्ये चयापचय करण्यासाठी केला जातो. याव्यतिरिक्त, जर माती जड धातूंनी प्रदूषित केली असेल, तर प्रदूषण स्रोत शोषण्यासाठी विशिष्ट वनस्पती देखील वापरल्या जाऊ शकतात.