Вақте ки муҳити зист вайрон мешавад, биотехнология метавонад барои ҳифзи муҳити зист аз зарари дуюмдараҷа истифода шавад. Биология хеле мушаххас аст ва метавонад манбаъҳои махсуси ифлоскуниро нест кунад. Масалан, киштии сайёҳӣ, ки нафти хомро интиқол медиҳад, дар натиҷаи садама минтақаи баҳрро бо нафти вазнин ифлос мекунад. Штаммҳои махсуси микробҳо, ки равғани вазнинро таҷзия мекунанд, барои таҷзия кардани равғани вазнин ва мубодилаи он ба кислотаҳои равғании аз ҷиҳати экологӣ қобили қабул барои бартараф кардани ифлосшавӣ истифода мешаванд. Илова бар ин, агар хок бо металлҳои вазнин олуда бошад, растаниҳои махсусро барои азхуд кардани манбаъҳои ифлоскунанда низ истифода бурдан мумкин аст.