Wanneer die omgewing beskadig word, kan biotegnologie gebruik word om die omgewing teen sekondêre skade te beskerm. Biologie is hoogs spesifiek en kan spesiale besoedelingsbronne uitskakel. Byvoorbeeld, 'n vaartuig wat ru-olie vervoer besoedel die seegebied met swaar olie as gevolg van 'n ongeluk. Die spesiale mikrobiese stamme wat swaar olie ontbind, word gebruik om die swaar olie te ontbind en dit te metaboliseer in omgewingsaanvaarbare kortkettingvetsure om die besoedeling uit te skakel. Daarbenewens, as die grond deur swaar metale besoedel is, kan spesifieke plante ook gebruik word om besoedelingsbronne te absorbeer.