አካባቢው በሚጎዳበት ጊዜ ባዮቴክኖሎጂ አካባቢን ከሁለተኛ ደረጃ ጉዳት ለመከላከል ጥቅም ላይ ሊውል ይችላል. ባዮሎጂ በጣም የተለየ እና ልዩ የብክለት ምንጮችን ያስወግዳል. ለምሳሌ ድፍድፍ ዘይትን የሚያጓጉዝ የመርከብ መርከብ በአደጋ ምክንያት የባህርን አካባቢ በከባድ ዘይት ይበክላል። የከባድ ዘይትን የሚያበላሹ ልዩ ጥቃቅን ተህዋሲያን ዝርያዎች የከባድ ዘይትን መበስበስ እና ብክለትን ለማስወገድ በአከባቢው ተቀባይነት ወዳለው አጭር ሰንሰለት ፋቲ አሲድ (metabolize) ጥቅም ላይ ይውላሉ. በተጨማሪም, አፈሩ በከባድ ብረቶች ከተበከለ, ልዩ ተክሎችም የብክለት ምንጮችን ለመምጠጥ ጥቅም ላይ ሊውሉ ይችላሉ.