عندما تتلف البيئة ، يمكن استخدام التكنولوجيا الحيوية لحماية البيئة من الأضرار الثانوية. علم الأحياء محدد للغاية ويمكنه القضاء على مصادر التلوث الخاصة. على سبيل المثال ، تلوث سفينة سياحية تنقل النفط الخام منطقة البحر بالزيت الثقيل بسبب وقوع حادث. تُستخدم السلالات الميكروبية الخاصة التي تتحلل من الزيت الثقيل لتحليل الزيت الثقيل واستقلابه إلى أحماض دهنية قصيرة السلسلة مقبولة بيئيًا للقضاء على التلوث. بالإضافة إلى ذلك ، إذا كانت التربة ملوثة بالمعادن الثقيلة ، فيمكن أيضًا استخدام نباتات معينة لامتصاص مصادر التلوث.