Ətraf mühitə zərər vurulduqda, biotexnologiya ətraf mühiti ikinci dərəcəli zərərdən qorumaq üçün istifadə edilə bilər. Biologiya yüksək spesifikdir və xüsusi çirklənmə mənbələrini aradan qaldıra bilir. Məsələn, xam neft daşıyan gəmi qəzaya görə dəniz ərazisini ağır neftlə çirkləndirir. Ağır nefti parçalayan xüsusi mikrob ştammları ağır yağı parçalamaq və çirklənməni aradan qaldırmaq üçün ətraf mühitə uyğun qısa zəncirli yağ turşularına metabolizə etmək üçün istifadə olunur. Bundan əlavə, torpaq ağır metallarla çirklənirsə, çirklənmə mənbələrini udmaq üçün xüsusi bitkilərdən də istifadə edilə bilər.