Когато околната среда е увредена, биотехнологията може да се използва за защита на околната среда от вторични щети. Биологията е силно специфична и може да елиминира специални източници на замърсяване. Например, круизен кораб, превозващ суров петрол, замърсява морската зона с тежък петрол поради авария. Специалните микробни щамове, които разграждат тежкото масло, се използват за разграждане на тежкото масло и метаболизирането му в приемливи за околната среда мастни киселини с къса верига, за да се елиминира замърсяването. Освен това, ако почвата е замърсена с тежки метали, специфични растения също могат да се използват за абсорбиране на източници на замърсяване.