যখন পরিবেশ ক্ষতিগ্রস্ত হয়, জৈবপ্রযুক্তি ব্যবহার করে পরিবেশকে গৌণ ক্ষতি থেকে রক্ষা করা যেতে পারে। জীববিদ্যা অত্যন্ত সুনির্দিষ্ট এবং বিশেষ দূষণের উত্সগুলিকে দূর করতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, অপরিশোধিত তেল পরিবহনকারী একটি ক্রুজ জাহাজ দুর্ঘটনার কারণে ভারী তেল দিয়ে সমুদ্র অঞ্চলকে দূষিত করে। বিশেষ মাইক্রোবিয়াল স্ট্রেনগুলি যেগুলি ভারী তেলকে পচন করে, ভারী তেলকে পচানোর জন্য এবং দূষণ দূর করার জন্য পরিবেশগতভাবে গ্রহণযোগ্য শর্ট চেইন ফ্যাটি অ্যাসিডগুলিতে বিপাক করতে ব্যবহৃত হয়। এছাড়াও, যদি মাটি ভারী ধাতু দ্বারা দূষিত হয়, তবে দূষণের উত্সগুলি শোষণ করতে নির্দিষ্ট উদ্ভিদও ব্যবহার করা যেতে পারে।