Kada je okoliš oštećen, biotehnologija se može koristiti za zaštitu okoliša od sekundarnog oštećenja. Biologija je vrlo specifična i može eliminirati posebne izvore zagađenja. Na primjer, brod za krstarenje koji prevozi sirovu naftu zagađuje područje mora teškom naftom zbog nesreće. Posebni mikrobni sojevi koji razgrađuju tešku naftu koriste se za razgradnju teškog ulja i metabolizam u ekološki prihvatljive kratkolančane masne kiseline kako bi se eliminiralo zagađenje. Osim toga, ako je tlo zagađeno teškim metalima, određene biljke se također mogu koristiti za apsorpciju izvora zagađenja.