Quan el medi ambient està danyat, la biotecnologia es pot utilitzar per protegir el medi ambient de danys secundaris. La biologia és molt específica i pot eliminar fonts especials de contaminació. Per exemple, un creuer que transporta petroli cru contamina la zona del mar amb petroli pesat a causa d'un accident. Les soques microbianes especials que descomponen el petroli pesat s'utilitzen per descompondre l'oli pesat i metabolitzar-lo en àcids grassos de cadena curta ambientalment acceptables per eliminar la contaminació. A més, si el sòl està contaminat per metalls pesants, també es poden utilitzar plantes específiques per absorbir fonts de contaminació.