Při poškození životního prostředí lze využít biotechnologie k ochraně životního prostředí před sekundárním poškozením. Biologie je vysoce specifická a dokáže eliminovat speciální zdroje znečištění. Například výletní loď přepravující ropu znečišťuje mořskou oblast těžkou ropou kvůli nehodě. Speciální mikrobiální kmeny, které rozkládají těžký olej, se používají k rozkladu těžkého oleje a jeho metabolizaci na ekologicky přijatelné mastné kyseliny s krátkým řetězcem, aby se eliminovalo znečištění. Pokud je navíc půda znečištěna těžkými kovy, lze k absorpci zdrojů znečištění využít i konkrétní rostliny.