Pan fydd yr amgylchedd yn cael ei niweidio, gellir defnyddio biotechnoleg i amddiffyn yr amgylchedd rhag difrod eilaidd. Mae bioleg yn benodol iawn a gall ddileu ffynonellau llygredd arbennig. Er enghraifft, mae llong fordaith sy'n cludo olew crai yn llygru ardal y môr ag olew trwm oherwydd damwain. Defnyddir y straenau microbaidd arbennig sy'n dadelfennu olew trwm i ddadelfennu'r olew trwm a'i fetaboli i asidau brasterog cadwyn fer sy'n dderbyniol yn amgylcheddol i ddileu'r llygredd. Yn ogystal, os yw'r pridd wedi'i lygru gan fetelau trwm, gellir defnyddio planhigion penodol hefyd i amsugno ffynonellau llygredd.