Når miljøet er beskadiget, kan bioteknologi bruges til at beskytte miljøet mod sekundære skader. Biologi er meget specifik og kan eliminere særlige forureningskilder. For eksempel forurener et krydstogtskib, der transporterer råolie, havområdet med svær olie på grund af en ulykke. De specielle mikrobielle stammer, der nedbryder tung olie, bruges til at nedbryde den tunge olie og omsætte den til miljømæssigt acceptable kortkædede fedtsyrer for at eliminere forureningen. Hvis jorden desuden er forurenet af tungmetaller, kan specifikke planter også bruges til at optage forureningskilder.