Wenn die Umwelt geschädigt ist, kann die Biotechnologie eingesetzt werden, um die Umwelt vor Folgeschäden zu schützen. Die Biologie ist hochspezifisch und kann spezielle Schadstoffquellen eliminieren. Beispielsweise verschmutzt ein Kreuzfahrtschiff, das Rohöl transportiert, durch einen Unfall das Seegebiet mit Schweröl. Die speziellen mikrobiellen Stämme, die Schweröl abbauen, werden verwendet, um das Schweröl zu zersetzen und es in umweltverträgliche kurzkettige Fettsäuren umzuwandeln, um die Verschmutzung zu beseitigen. Ist der Boden zudem mit Schwermetallen belastet, können auch gezielt Pflanzen zur Aufnahme von Schadstoffquellen eingesetzt werden.