Όταν το περιβάλλον είναι κατεστραμμένο, η βιοτεχνολογία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την προστασία του περιβάλλοντος από δευτερογενείς ζημιές. Η βιολογία είναι εξαιρετικά ειδική και μπορεί να εξαλείψει ειδικές πηγές ρύπανσης. Για παράδειγμα, ένα κρουαζιερόπλοιο που μεταφέρει αργό πετρέλαιο μολύνει τη θαλάσσια περιοχή με βαρύ πετρέλαιο λόγω ατυχήματος. Τα ειδικά μικροβιακά στελέχη που αποσυνθέτουν το βαρύ λάδι χρησιμοποιούνται για την αποσύνθεση του βαρέος ελαίου και τον μεταβολισμό του σε περιβαλλοντικά αποδεκτά λιπαρά οξέα βραχείας αλυσίδας για την εξάλειψη της ρύπανσης. Επιπλέον, εάν το έδαφος είναι μολυσμένο από βαρέα μέταλλα, μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν συγκεκριμένα φυτά για την απορρόφηση των πηγών ρύπανσης.