Cuando el medio ambiente está dañado, la biotecnología se puede utilizar para proteger el medio ambiente de daños secundarios. La biología es muy específica y puede eliminar fuentes especiales de contaminación. Por ejemplo, un crucero que transporta petróleo crudo contamina el área del mar con petróleo pesado debido a un accidente. Las cepas microbianas especiales que descomponen el petróleo pesado se utilizan para descomponer el petróleo pesado y metabolizarlo en ácidos grasos de cadena corta ambientalmente aceptables para eliminar la contaminación. Además, si el suelo está contaminado por metales pesados, también se pueden utilizar plantas específicas para absorber las fuentes de contaminación.