Kui keskkond on kahjustatud, saab biotehnoloogia abil kaitsta keskkonda sekundaarsete kahjustuste eest. Bioloogia on väga spetsiifiline ja suudab kõrvaldada erilised saasteallikad. Näiteks toornaftat transportiv ristluslaev reostab õnnetuse tõttu mereala raske naftaga. Raske õli lagundamiseks ja keskkonnale vastuvõetavateks lühikese ahelaga rasvhapeteks metaboliseerimiseks kasutatakse saaste kõrvaldamiseks spetsiaalseid rasket õli lagundavaid mikroobitüvesid. Lisaks, kui pinnas on reostunud raskmetallidega, saab konkreetseid taimi kasutada ka saasteallikate absorbeerimiseks.