Ingurumena kaltetzen denean, bioteknologia erabil daiteke ingurumena bigarren mailako kalteetatik babesteko. Biologia oso espezifikoa da eta kutsadura iturri bereziak ezaba ditzake. Esaterako, petrolio gordina garraiatzen duen gurutzontzi batek petrolio astunarekin kutsatzen du itsas eremua istripu baten ondorioz. Petrolio astuna deskonposatzen duten mikrobio-tentsio bereziak olio astuna deskonposatzeko eta ingurumenaren aldetik onargarriak diren kate laburreko gantz-azidoetan metabolizatzeko erabiltzen dira, kutsadura kentzeko. Horrez gain, lurzorua metal astunek kutsatzen badute, landare zehatzak ere erabil daitezke kutsadura iturriak xurgatzeko.