هنگامی که محیط زیست آسیب می بیند، می توان از بیوتکنولوژی برای محافظت از محیط در برابر آسیب های ثانویه استفاده کرد. زیست شناسی بسیار خاص است و می تواند منابع آلودگی ویژه را حذف کند. به عنوان مثال، یک کشتی مسافربری که نفت خام را حمل می کند، به دلیل تصادف، منطقه دریا را با نفت سنگین آلوده می کند. سویه های میکروبی ویژه ای که نفت سنگین را تجزیه می کنند برای تجزیه روغن سنگین و متابولیزه کردن آن به اسیدهای چرب زنجیره کوتاه قابل قبول برای محیط زیست برای از بین بردن آلودگی استفاده می شود. علاوه بر این، اگر خاک توسط فلزات سنگین آلوده شده باشد، می توان از گیاهان خاص نیز برای جذب منابع آلودگی استفاده کرد.