Kun ympäristö on vaurioitunut, voidaan bioteknologian avulla suojella ympäristöä toissijaisilta vaurioilta. Biologia on erittäin spesifistä ja voi poistaa erityiset saastelähteet. Esimerkiksi raakaöljyä kuljettava risteilyalus saastuttaa merialueen raskaalla öljyllä onnettomuuden seurauksena. Raskasöljyä hajottavia erityisiä mikrobikantoja käytetään raskasöljyn hajottamiseen ja aineenvaihduntaan ympäristön kannalta hyväksyttäviksi lyhytketjuisiksi rasvahapoiksi saastumisen poistamiseksi. Lisäksi, jos maaperä on raskasmetallien saastuttamaa, saastelähteiden imemiseen voidaan käyttää myös tiettyjä kasveja.