Lorsque l'environnement est endommagé, la biotechnologie peut être utilisée pour protéger l'environnement des dommages secondaires. La biologie est très spécifique et peut éliminer des sources de pollution particulières. Par exemple, un navire de croisière transportant du pétrole brut pollue la zone maritime avec du pétrole lourd suite à un accident. Les souches microbiennes spéciales qui décomposent l'huile lourde sont utilisées pour décomposer l'huile lourde et la métaboliser en acides gras à chaîne courte acceptables pour l'environnement afin d'éliminer la pollution. De plus, si le sol est pollué par des métaux lourds, des plantes spécifiques peuvent également être utilisées pour absorber les sources de pollution.