Cando o medio ambiente está danado, a biotecnoloxía pódese utilizar para protexer o medio ambiente de danos secundarios. A bioloxía é moi específica e pode eliminar fontes especiais de contaminación. Por exemplo, un cruceiro que transporta petróleo cru contamina a zona do mar con petróleo pesado debido a un accidente. As cepas microbianas especiais que descompoñen o petróleo pesado utilízanse para descompoñer o petróleo pesado e metabolizalo en ácidos graxos de cadea curta ambientalmente aceptables para eliminar a contaminación. Ademais, se o chan está contaminado por metais pesados, tamén se poden empregar plantas específicas para absorber fontes de contaminación.