જ્યારે પર્યાવરણને નુકસાન થાય છે, ત્યારે પર્યાવરણને ગૌણ નુકસાનથી બચાવવા માટે બાયોટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરી શકાય છે. જીવવિજ્ઞાન અત્યંત વિશિષ્ટ છે અને ખાસ પ્રદૂષણ સ્ત્રોતોને દૂર કરી શકે છે. ઉદાહરણ તરીકે, ક્રૂડ ઓઇલનું પરિવહન કરતું ક્રૂઝ જહાજ અકસ્માતને કારણે ભારે તેલથી સમુદ્ર વિસ્તારને પ્રદૂષિત કરે છે. ખાસ માઇક્રોબાયલ સ્ટ્રેન્સ કે જે ભારે તેલનું વિઘટન કરે છે તેનો ઉપયોગ ભારે તેલને વિઘટન કરવા અને પ્રદૂષણને દૂર કરવા માટે પર્યાવરણને સ્વીકાર્ય શોર્ટ ચેઇન ફેટી એસિડમાં ચયાપચય કરવા માટે કરવામાં આવે છે. વધુમાં, જો જમીન ભારે ધાતુઓ દ્વારા પ્રદૂષિત હોય, તો ચોક્કસ છોડનો ઉપયોગ પ્રદૂષણના સ્ત્રોતોને શોષવા માટે પણ થઈ શકે છે.