जब पर्यावरण क्षतिग्रस्त होता है, तो पर्यावरण को द्वितीयक क्षति से बचाने के लिए जैव प्रौद्योगिकी का उपयोग किया जा सकता है। जीवविज्ञान अत्यधिक विशिष्ट है और विशेष प्रदूषण स्रोतों को समाप्त कर सकता है। उदाहरण के लिए, कच्चे तेल का परिवहन करने वाला एक क्रूज जहाज किसी दुर्घटना के कारण समुद्र के क्षेत्र को भारी तेल से प्रदूषित करता है। भारी तेल को विघटित करने वाले विशेष माइक्रोबियल उपभेदों का उपयोग भारी तेल को विघटित करने के लिए किया जाता है और प्रदूषण को खत्म करने के लिए इसे पर्यावरण की दृष्टि से स्वीकार्य शॉर्ट चेन फैटी एसिड में मेटाबोलाइज किया जाता है। इसके अलावा, यदि मिट्टी भारी धातुओं से प्रदूषित होती है, तो विशिष्ट पौधों का उपयोग प्रदूषण स्रोतों को अवशोषित करने के लिए भी किया जा सकता है।