Kada je okoliš oštećen, biotehnologija se može koristiti za zaštitu okoliša od sekundarne štete. Biologija je vrlo specifična i može eliminirati posebne izvore onečišćenja. Primjerice, kruzer koji prevozi sirovu naftu zbog nesreće zagađuje morsko područje teškim uljem. Posebni sojevi mikroba koji razgrađuju teška ulja koriste se za razgradnju teških ulja i njihovu metabolizaciju u ekološki prihvatljive masne kiseline kratkog lanca kako bi se uklonilo onečišćenje. Osim toga, ako je tlo onečišćeno teškim metalima, specifične biljke se također mogu koristiti za apsorbiranje izvora onečišćenja.