Երբ շրջակա միջավայրը վնասվում է, կենսատեխնոլոգիան կարող է օգտագործվել շրջակա միջավայրը երկրորդական վնասներից պաշտպանելու համար: Կենսաբանությունը խիստ սպեցիֆիկ է և կարող է վերացնել աղտոտման հատուկ աղբյուրները: Օրինակ՝ հում նավթ տեղափոխող զբոսաշրջային նավը վթարի պատճառով աղտոտում է ծովի տարածքը ծանր նավթով։ Հատուկ մանրէաբանական շտամները, որոնք քայքայում են ծանր յուղը, օգտագործվում են ծանր յուղը քայքայելու և այն էկոլոգիապես ընդունելի կարճ շղթայի ճարպաթթուների վերածելու համար՝ աղտոտումը վերացնելու համար: Բացի այդ, եթե հողը աղտոտված է ծանր մետաղներով, ապա կարող են օգտագործվել նաև հատուկ բույսեր՝ աղտոտման աղբյուրները կլանելու համար: