Ketika lingkungan rusak, bioteknologi dapat digunakan untuk melindungi lingkungan dari kerusakan sekunder. Biologi sangat spesifik dan dapat menghilangkan sumber polusi khusus. Misalnya, kapal pesiar yang mengangkut minyak mentah mengotori wilayah laut dengan minyak berat akibat kecelakaan. Strain mikroba khusus yang menguraikan minyak berat digunakan untuk menguraikan minyak berat dan memetabolisme menjadi asam lemak rantai pendek yang dapat diterima lingkungan untuk menghilangkan polusi. Selain itu, jika tanah tercemar logam berat, tumbuhan tertentu juga dapat digunakan untuk menyerap sumber pencemaran.