Quando l'ambiente è danneggiato, la biotecnologia può essere utilizzata per proteggere l'ambiente da danni secondari. La biologia è altamente specifica e può eliminare particolari fonti di inquinamento. Ad esempio, una nave da crociera che trasporta petrolio greggio inquina la zona di mare con olio pesante a causa di un incidente. Gli speciali ceppi microbici che decompongono l'olio pesante vengono utilizzati per decomporre l'olio pesante e metabolizzarlo in acidi grassi a catena corta accettabili dal punto di vista ambientale per eliminare l'inquinamento. Inoltre, se il suolo è inquinato da metalli pesanti, si possono utilizzare anche piante specifiche per assorbire le fonti di inquinamento.