כאשר הסביבה נפגעת, ניתן להשתמש בביוטכנולוגיה כדי להגן על הסביבה מפני נזק משני. הביולוגיה היא מאוד ספציפית ויכולה לחסל מקורות זיהום מיוחדים. למשל, ספינת תענוגות המובילה נפט גולמי מזהמת את אזור הים בנפט כבד עקב תאונה. הזנים המיקרוביאליים המיוחדים המפרקים שמן כבד משמשים לפירוק השמן הכבד ולחילוף אותו לחומצות שומן קצרות שרשרת מקובלות על הסביבה כדי לסלק את הזיהום. בנוסף, אם הקרקע מזוהמת ממתכות כבדות, ניתן להשתמש גם בצמחים ספציפיים לקליטת מקורות זיהום.