როდესაც გარემო ზიანდება, ბიოტექნოლოგია შეიძლება გამოყენებულ იქნას გარემოს მეორადი დაზიანებისგან დასაცავად. ბიოლოგია ძალიან სპეციფიკურია და შეუძლია აღმოფხვრას სპეციალური დაბინძურების წყაროები. მაგალითად, ნედლი ნავთობის გადამზიდავი საკრუიზო გემი ავარიის გამო აბინძურებს ზღვის ტერიტორიას მძიმე ნავთობით. სპეციალური მიკრობული შტამები, რომლებიც ანადგურებენ მძიმე ზეთს, გამოიყენება მძიმე ზეთის დასაშლელად და მისი მეტაბოლიზმისთვის ეკოლოგიურად მისაღები მოკლე ჯაჭვის ცხიმოვან მჟავებად დაბინძურების აღმოსაფხვრელად. გარდა ამისა, თუ ნიადაგი დაბინძურებულია მძიმე ლითონებით, კონკრეტული მცენარეების გამოყენება შესაძლებელია დაბინძურების წყაროების ათვისებისთვის.