Қоршаған орта бұзылған кезде биотехнологияны қоршаған ортаны екінші реттік зақымданудан қорғауға болады. Биология өте спецификалық және арнайы ластау көздерін жоя алады. Мысалы, мұнай тасымалдайтын круиздік кеме апат салдарынан теңіз аймағын ауыр мұнаймен ластайды. Ауыр майды ыдырататын арнайы микробтық штамдар ауыр майды ыдырату және ластануды жою үшін қоршаған ортаға қолайлы қысқа тізбекті май қышқылдарына метаболиздену үшін қолданылады. Сонымен қатар, егер топырақ ауыр металдармен ластанса, ластау көздерін сіңіру үшін арнайы өсімдіктерді де қолдануға болады.