Kai aplinka pažeidžiama, biotechnologijomis galima apsaugoti aplinką nuo antrinės žalos. Biologija yra labai specifinė ir gali pašalinti specialius taršos šaltinius. Pavyzdžiui, žalią naftą gabenantis kruizinis laivas dėl avarijos užteršia jūros zoną sunkiąja nafta. Sunkiajam naftai skaidyti ir metabolizuoti į aplinkai priimtinas trumpos grandinės riebalų rūgštis, siekiant pašalinti taršą, naudojamos specialios sunkiąją alyvą skaidančios mikrobų padermės. Be to, jei dirvožemis yra užterštas sunkiaisiais metalais, taršos šaltiniams sugerti gali būti naudojami ir specifiniai augalai.