Kad vide ir bojāta, biotehnoloģiju var izmantot, lai aizsargātu vidi no sekundāriem bojājumiem. Bioloģija ir ļoti specifiska un var novērst īpašus piesārņojuma avotus. Piemēram, kruīza kuģis, kas pārvadā jēlnaftu, avārijas dēļ piesārņo jūras zonu ar smago naftu. Speciālie mikrobu celmi, kas sadala smago eļļu, tiek izmantoti, lai sadalītu smago eļļu un metabolizētu to videi pieņemamās īsās ķēdes taukskābēs, lai novērstu piesārņojumu. Turklāt, ja augsne ir piesārņota ar smagajiem metāliem, piesārņojuma avotu absorbēšanai var izmantot arī konkrētus augus.