Кога животната средина е оштетена, биотехнологијата може да се користи за заштита на животната средина од секундарно оштетување. Биологијата е многу специфична и може да елиминира посебни извори на загадување. На пример, брод за крстарење кој превезува сурова нафта ја загадува морската област со тешка нафта поради несреќа. Специјалните микробиолошки соеви кои го разградуваат тешкото масло се користат за разградување на тешкото масло и негово метаболизирање во еколошки прифатливи масни киселини со краток синџир за да се елиминира загадувањето. Дополнително, доколку почвата е загадена со тешки метали, може да се користат и специфични растенија за апсорпција на изворите на загадување.