Apabila alam sekitar rosak, bioteknologi boleh digunakan untuk melindungi alam sekitar daripada kerosakan sekunder. Biologi sangat spesifik dan boleh menghapuskan sumber pencemaran khas. Sebagai contoh, kapal persiaran yang mengangkut minyak mentah mencemarkan kawasan laut dengan minyak berat akibat kemalangan. Strain mikrob khas yang mengurai minyak berat digunakan untuk mengurai minyak berat dan memetabolismekannya menjadi asid lemak rantai pendek yang boleh diterima oleh alam sekitar untuk menghapuskan pencemaran. Selain itu, jika tanah dicemari oleh logam berat, tumbuhan tertentu juga boleh digunakan untuk menyerap sumber pencemaran.