Wanneer het milieu beschadigd is, kan biotechnologie worden gebruikt om het milieu te beschermen tegen secundaire schade. Biologie is zeer specifiek en kan speciale vervuilingsbronnen elimineren. Zo vervuilt een cruiseschip dat ruwe olie vervoert door een ongeval het zeegebied met zware olie. De speciale microbiële stammen die zware olie afbreken, worden gebruikt om de zware olie af te breken en te metaboliseren tot voor het milieu aanvaardbare vetzuren met een korte keten om de vervuiling te elimineren. Daarnaast kunnen, als de bodem vervuild is door zware metalen, ook specifieke planten worden ingezet om vervuilingsbronnen op te vangen.