Når miljøet er skadet, kan bioteknologi brukes til å beskytte miljøet mot sekundær skade. Biologi er svært spesifikk og kan eliminere spesielle forurensningskilder. For eksempel forurenser et cruiseskip som frakter råolje havområdet med tungolje på grunn av en ulykke. De spesielle mikrobielle stammene som bryter ned tungoljen brukes til å bryte ned tungoljen og metabolisere den til miljømessig akseptable kortkjedede fettsyrer for å eliminere forurensningen. I tillegg, hvis jorda er forurenset av tungmetaller, kan spesifikke planter også brukes til å absorbere forurensningskilder.