Kiedy środowisko jest zniszczone, biotechnologia może być wykorzystana do ochrony środowiska przed wtórnymi szkodami. Biologia jest wysoce specyficzna i może eliminować specjalne źródła zanieczyszczeń. Na przykład statek wycieczkowy przewożący ropę naftową w wyniku wypadku zanieczyszcza obszar morski ciężką ropą. Specjalne szczepy drobnoustrojów, które rozkładają ciężki olej, są wykorzystywane do rozkładu ciężkiego oleju i metabolizowania go do akceptowalnych dla środowiska krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych w celu wyeliminowania zanieczyszczeń. Ponadto, jeśli gleba jest zanieczyszczona metalami ciężkimi, do pochłaniania źródeł zanieczyszczeń można również wykorzystać określone rośliny.