Quando o meio ambiente é danificado, a biotecnologia pode ser usada para proteger o meio ambiente de danos secundários. A biologia é altamente específica e pode eliminar fontes especiais de poluição. Por exemplo, um navio de cruzeiro que transporta petróleo bruto polui a área marítima com petróleo pesado devido a um acidente. As cepas microbianas especiais que decompõem o óleo pesado são usadas para decompor o óleo pesado e metabolizá-lo em ácidos graxos de cadeia curta ambientalmente aceitáveis ​​para eliminar a poluição. Além disso, se o solo estiver poluído por metais pesados, plantas específicas também podem ser utilizadas para absorver as fontes de poluição.