Atunci când mediul este deteriorat, biotehnologia poate fi folosită pentru a proteja mediul de daune secundare. Biologia este foarte specifică și poate elimina sursele speciale de poluare. De exemplu, o navă de croazieră care transportă țiței poluează zona mării cu petrol greu din cauza unui accident. Tulpinile microbiene speciale care descompun uleiul greu sunt folosite pentru a descompune uleiul greu și pentru a-l metaboliza în acizi grași cu lanț scurt acceptabili din punct de vedere ecologic pentru a elimina poluarea. În plus, dacă solul este poluat cu metale grele, se pot folosi și plante specifice pentru a absorbi sursele de poluare.