Когда окружающей среде нанесен ущерб, биотехнология может использоваться для защиты окружающей среды от вторичного ущерба. Биология очень специфична и может устранять особые источники загрязнения. Например, круизное судно, перевозящее сырую нефть, в результате аварии загрязняет морскую акваторию тяжелой нефтью. Специальные микробные штаммы, которые разлагают тяжелую нефть, используются для разложения тяжелой нефти и превращения ее в экологически приемлемые короткоцепочечные жирные кислоты для устранения загрязнения. Кроме того, если почва загрязнена тяжелыми металлами, определенные растения также могут использоваться для поглощения источников загрязнения.