Keď je životné prostredie poškodené, biotechnológia môže byť použitá na ochranu životného prostredia pred sekundárnym poškodením. Biológia je vysoko špecifická a dokáže eliminovať špeciálne zdroje znečistenia. Napríklad výletná loď, ktorá prepravuje ropu, znečistí morskú oblasť ťažkou ropou v dôsledku nehody. Špeciálne mikrobiálne kmene, ktoré rozkladajú ťažký olej, sa používajú na rozklad ťažkého oleja a jeho metabolizmus na environmentálne prijateľné mastné kyseliny s krátkym reťazcom, aby sa eliminovalo znečistenie. Okrem toho, ak je pôda znečistená ťažkými kovmi, na absorbovanie zdrojov znečistenia možno použiť aj špecifické rastliny.