Ko je okolje poškodovano, se lahko z biotehnologijo zaščiti okolje pred sekundarno škodo. Biologija je zelo specifična in lahko odpravi posebne vire onesnaženja. Na primer, ladja za križarjenje, ki prevaža surovo nafto, zaradi nesreče onesnaži morje s težko nafto. Posebni sevi mikrobov, ki razgrajujejo težko olje, se uporabljajo za razgradnjo težkega olja in njegovo presnovo v okolju sprejemljive kratkoverižne maščobne kisline, da se odpravi onesnaženje. Poleg tega, če so tla onesnažena s težkimi kovinami, se lahko za absorpcijo virov onesnaženja uporabijo tudi posebne rastline.