Kur mjedisi dëmtohet, bioteknologjia mund të përdoret për të mbrojtur mjedisin nga dëmtimet dytësore. Biologjia është shumë specifike dhe mund të eliminojë burime të veçanta ndotjeje. Për shembull, një anije lundrimi që transporton naftë bruto ndot zonën detare me naftë të rëndë për shkak të një aksidenti. Llojet e veçanta mikrobiale që dekompozojnë vajin e rëndë përdoren për të dekompozuar vajin e rëndë dhe për ta metabolizuar atë në acide yndyrore me zinxhir të shkurtër të pranueshëm për mjedisin për të eliminuar ndotjen. Përveç kësaj, nëse toka është e ndotur nga metalet e rënda, bimët specifike mund të përdoren gjithashtu për të thithur burimet e ndotjes.