Када је животна средина оштећена, биотехнологија се може користити за заштиту животне средине од секундарног оштећења. Биологија је веома специфична и може елиминисати посебне изворе загађења. На пример, брод за крстарење који превози сирову нафту загађује подручје мора тешком нафтом због несреће. Специјални микробни сојеви који разлажу тешку нафту се користе за разлагање тешког уља и метаболизам у еколошки прихватљиве масне киселине кратког ланца како би се елиминисало загађење. Поред тога, ако је земљиште загађено тешким металима, специфичне биљке се такође могу користити за апсорпцију извора загађења.