När miljön skadas kan bioteknik användas för att skydda miljön från sekundära skador. Biologi är mycket specifik och kan eliminera speciella föroreningskällor. Till exempel förorenar ett kryssningsfartyg som transporterar råolja havsområdet med tung olja på grund av en olycka. De speciella mikrobiella stammarna som bryter ner tungoljan används för att bryta ner tungoljan och metabolisera den till miljömässigt acceptabla kortkedjiga fettsyror för att eliminera föroreningarna. Dessutom, om marken är förorenad av tungmetaller, kan specifika växter också användas för att absorbera föroreningskällor.