Mazingira yanapoharibiwa, bioteknolojia inaweza kutumika kulinda mazingira kutokana na uharibifu wa pili. Biolojia ni maalum sana na inaweza kuondoa vyanzo maalum vya uchafuzi wa mazingira. Kwa mfano, meli ya kitalii inayosafirisha mafuta ghafi huchafua eneo la bahari kwa mafuta mazito kutokana na ajali. Aina maalum za vijidudu ambazo huoza mafuta mazito hutumiwa kuoza mafuta mazito na kuyabadilisha kuwa asidi fupi za mafuta zinazokubalika kwa mazingira ili kuondoa uchafuzi wa mazingira. Kwa kuongeza, ikiwa udongo umechafuliwa na metali nzito, mimea maalum inaweza pia kutumika kunyonya vyanzo vya uchafuzi wa mazingira.