Kapag nasira ang kapaligiran, maaaring gamitin ang biotechnology upang protektahan ang kapaligiran mula sa pangalawang pinsala. Ang biology ay lubos na tiyak at maaaring alisin ang mga espesyal na pinagmumulan ng polusyon. Halimbawa, ang isang cruise ship na nagdadala ng krudo ay nagpaparumi sa lugar ng dagat na may mabigat na langis dahil sa isang aksidente. Ang mga espesyal na microbial strain na nabubulok ang mabibigat na langis ay ginagamit upang mabulok ang mabibigat na langis at i-metabolize ito sa katanggap-tanggap na kapaligiran na mga short chain fatty acid upang maalis ang polusyon. Bilang karagdagan, kung ang lupa ay nadumhan ng mabibigat na metal, ang mga partikular na halaman ay maaari ding gamitin upang sumipsip ng mga pinagmumulan ng polusyon.