Çevre zarar gördüğünde, çevreyi ikincil zararlardan korumak için biyoteknoloji kullanılabilir. Biyoloji oldukça spesifiktir ve özel kirlilik kaynaklarını ortadan kaldırabilir. Örneğin, ham petrol taşıyan bir yolcu gemisi, bir kaza sonucu deniz alanını ağır petrol ile kirletir. Ağır yağı ayrıştıran özel mikrobiyal türler, ağır yağı ayrıştırmak ve kirliliği ortadan kaldırmak için çevre açısından kabul edilebilir kısa zincirli yağ asitlerine metabolize etmek için kullanılır. Ayrıca, toprak ağır metallerle kirlenmişse, kirlilik kaynaklarını emmek için özel bitkiler de kullanılabilir.