Коли навколишньому середовищу завдано шкоди, біотехнологія може бути використана для захисту навколишнього середовища від вторинної шкоди. Біологія дуже специфічна і може усунути особливі джерела забруднення. Наприклад, круїзне судно, що транспортує сиру нафту, через аварію забруднює морську акваторію важкою нафтою. Спеціальні мікробні штами, які розкладають важку нафту, використовуються для розкладання важкої нафти та її перетворення в екологічно прийнятні коротколанцюгові жирні кислоти для усунення забруднення. Крім того, якщо ґрунт забруднений важкими металами, для поглинання джерел забруднення також можна використовувати спеціальні рослини.